Technology Overview
10X单细胞转录组测序
单细胞转录组测序是在单个细胞水平进行高通量转录组测序的一项新技术，能够有效解决细胞异质性以及bulk RNA-seq被掩盖的细胞群内转录组异质性难题，有助于发现新的稀有细胞类型，深入了解细胞生长过程中的表达调控机制。
10x Genomics Chromium系统利用微流控、油包水的微反应体系，通过序列标签（Cell Barcode和UMI）区别群体中的不同细胞和转录本，获得单细胞水平的基因表达谱，实现数千甚至上万个单细胞群体分析。
Technical Advantages
技术优势
通量高
一次可以同时测8个样本，每个样本最多可以检测到上万个细胞，大幅提升实验效率，降低单样本测序成本。
周期短
17分钟内完成上万个细胞封装，一天之内即可完成细胞悬液制备、单细胞捕获、扩增以及建库全流程，极大缩短实验周期。
效率高
细胞捕获效率高达65%，有效减少样本浪费。同时搭配高灵敏度的测序方案，保证稀有细胞亚群的可靠检出。
应用范围广
✓
动物细胞和植物细胞均可进行单细胞测序
✓
肿瘤细胞异质性研究与肿瘤微环境解析
✓
免疫细胞群体检测与免疫组库分析
✓
胚胎发育研究与细胞命运图谱绘制
✓
神经科学领域细胞类型鉴定
✓
药物作用机制与靶点细胞层面验证
Analysis Content
分析内容
1
数据质控与过滤
细胞数目统计、UMI分布分析、线粒体基因比例过滤
细胞数目统计、UMI分布分析、线粒体基因比例过滤
2
细胞聚类与可视化
UMAP/tSNE降维可视化、Louvain/Leiden聚类分析
UMAP/tSNE降维可视化、Louvain/Leiden聚类分析
3
细胞类型注释
基于标志基因的细胞类型鉴定与自动注释
基于标志基因的细胞类型鉴定与自动注释
4
差异基因分析
细胞亚群间差异表达基因筛选与功能富集分析
细胞亚群间差异表达基因筛选与功能富集分析
5
细胞轨迹分析
拟时序分析重建细胞发育/分化轨迹
拟时序分析重建细胞发育/分化轨迹
6
细胞互作分析
配体-受体互作网络分析，揭示细胞间通讯模式
配体-受体互作网络分析，揭示细胞间通讯模式
7
基因调控网络
转录因子调控网络推断（SCENIC等方法）
转录因子调控网络推断（SCENIC等方法）
8
拷贝数变异分析
肿瘤样本CNV推断，区分肿瘤细胞与正常细胞
肿瘤样本CNV推断，区分肿瘤细胞与正常细胞